W 1740 roku Prusy rozpoczęły podbój Śląska. W tym momencie Trzebnica przeszła na ponad dwa stulecia pod panowanie niemieckie i pruskie. Miasto bardzo ucierpiało przez epidemie, rabunki, przemarsze wojsk napoleońskich i wojny śląskie. W 1801 roku zakonnice w wyniku dekretu kasacyjnego klasztorów zmuszone były do opuszczenia go. Świątynia w tym okresie pełniła funkcję obozów jenieckich czy tez pędzalni wełny. Klasztor zubożał, a wiele jego elementów architektonicznych uległo dewastacji.

Zobacz też: Historia Trzebnicy. Co działo się w miejscowości w przeszłości?

W 1870 roku południową część klasztoru zakupili Rycerze Maltańscy, którzy urządzili w jego pomieszczeniach szpital wojskowy, a pracy w nim podjęły się siostry z Kongregacji Sióstr Miłosierdzia Świętego Karola Boromeusza. Długie starania zaowocowały tym, że zakonnice stały się właścicielkami całego zespołu. W końcu wraz z początkiem XIX wieku miasto zaczęło rozwijać się, powstały m.in. bank, biblioteka, drukarnia. Dzięki trwającym na terenie Wrocławia od 1853 do 1856 epidemii cholery odkryto walory klimatyczne Trzebnicy. Zaraza zaowocowała otwarciem w miejscowości “Zdroju św. Jadwigi”, a w okolicach uzdrowiska wielu pensjonatów oraz willi, które cieszyły się popularnością.

Pod koniec XIX wieku otwarto połączenie kolejowe z Wrocławiem oraz uruchomiono kolejkę wąskotorową. 25 stycznia 1945 roku na tereny Trzebnicy wkroczyły wojska radzieckie. Miejscowość została w znacznym stopniu zniszczona. Po zakończeniu II wojny, stała się siedzibą władz wojewódzkich, a także ważnym ośrodkiem osadnictwa. Od tego momentu miasto zaczęło się rozwijać, powstał pierwszy urząd pocztowy, szpital oraz drukarnia.